Powstała z trzech niezależnych administracyjnie drukarni akademckich: Drukarni Kolegium Większego Akademii Krakowskiej tzw. Piotrkowczykowskiej (od 1674 r.), Drukarni Akademickiej tzw. Cezarowskiej (od 1734) i Drukarni Seminarium Biskupio-Akademickiego (od 1757 r.). W 1781 r. podporządkowano je wspólnemu kierownikowi, a od 1783 połączono w jedną Drukarnię Szkoły Głównej Koronnej. Od 1841 Drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 1885-1897 zarządcą komisarycznym drukarni jest Anatol Marian Kosterkiewicz.

Jednodniówka wydana gwoli uciesze i rozweseleniu Jubilata Józefa Filipowskiego z okazji czterdziestolecia zasiadania na stołku dyrektorskim / red. pracownicy Drukarni U. J. - Kraków, 1937.